V hlave rodáka z Trenčína, ktorého z politických dôvodov dva razy vyhnali z univerzitnej pôdy, sa zrodil projekt novej vednej disciplíny – religionistiky, vedy o náboženstvách sveta, postavenej na porovnávacom základe, ktorá na Slovensku nemala žiadnu tradíciu ani zázemie. Zakladal ju ako profesor na Filozofickej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave, keď najskôr vypracoval projekty na akademické štúdium religionistiky. Tento vedný odbor sa ako štúdium zaviedol začiatkom 90-tych rokov. Rokmi samovzdelávania a tvrdej práce, ale aj publikovaním religionistických prác, ktoré všetky napísal v ústraní, sa mu tak nakoniec podarilo doviesť svoj niekoľko desaťročí trvajúci sen do konca. Od 6. októbra 2003 existuje samostatná Katedra porovnávacej religionistiky, ktorá má dobré kontakty s medzinárodným vedeckým svetom.
Slovenskú vedu obohatil o nezávislé a kritické štúdium svetových náboženských a mytologických tradícií, ako aj o množstvo ďalších knižných titulov. Za všetky možno spomenúť – Kráľ Matej Korvín v ľudovej prozaickej slovesnosti, Povesti z Kaukazu, Kratochvílne príbehy Kráľa Mateja, Únoscovia – mýty a legendy o kultúrnych hrdinoch a zrode civilizácie, Mýty a legendy o vláde bojovných žien – Amazonkách, Solovjov a ekumenizmus, Postavy z dejín ruského katolicizmu... Jeho najväčším dielom je porovnávacia monografia Tradičná svadba u Slovanov.
J. Komorovský navštívil mnohé krajiny, viackrát bol vo vtedajšom Sovietskom zväze, kde mal niekoľko prednášok a kde sa stretol s významnými ruskými vedeckými osobnosťami a študentmi.